实验室是一个相对独立的科研实体，建立了学术委员会和管理委员会，具有相对独立的人事权和财务权，实行依托单位领导下的实验室主任负责制，接受学术委员会和依托单位的监督、领导。

学术委员会是实验室的学术指导机构，由本领域国内外著名专家、学者组成，成员中本校成员不超过总人数的1/3，中青年学术委员不少于1/3。主要负责审议实验室的目标、任务和研究方向，审议实验室的重大学术活动、年度工作，审批开放研究课题，并每年至少召开一次学术委员会会议，实验室主任在会议上向学术委员会委员作实验室工作报告。谢礼立院士担任学术委员会主任，李惠教授任副主任，学术会员会委员15人，其中中国工程院院士3名，境外知名学者4人。

管理委员会是实验室的领导、决策机构，负责审定实验室的重大事宜；组织招聘推荐实验室主任人选；推荐成立学术委员会；审定和监督实验室的年度工作计划、财务预决算以及执行情况。实验室设名誉主任1名，主任1名,副主任2名，负责实验室建设与日常管理，定期向有关部门和学术委员会汇报实验室运转情况。现任名誉主任为沈世钊院士，主任为范峰教授。