实验室具有内部、外部交流机制，强化各个方向之间的凝聚力，本着“开放、流动、联合、竞争”的原则，积极创造条件向国内外开放，根据国家科技发展方针，面向国际科技前沿和我国现代化建设，围绕国民经济、社会发展及国家安全面临的重大科技问题，开展创新性研究，培养创新性人才，获取原始创新成果和自主知识产权。

实验室是一个相对独立的科研实体，建立了学术委员会和管理委员会，具有相对独立的人事权和财务权，实行依托单位领导下的实验室主任负责制，接受学术委员会和依托单位的监督、领导。

学术委员会是实验室的学术指导机构，由本领域国内外著名专家、学者组成，成员中本校成员不超过总人数的1/3，中青年学术委员不少于1/3。主要负责审议实验室的目标、任务和研究方向，审议实验室的重大学术活动、年度工作，审批开放研究课题，并每年至少召开一次学术委员会会议，实验室主任在会议上向学术委员会委员作实验室工作报告。谢礼立院士担任学术委员会主任，李惠院士任副主任，学术会员会委员15人，其中中国工程院院士5名、中国科学院院士2名，境外知名学者4人。

管理委员会是实验室的领导、决策机构，负责审定实验室的重大事宜；组织招聘推荐实验室主任人选；推荐成立学术委员会；审定和监督实验室的年度工作计划、财务预决算以及执行情况。实验室设名誉主任1名，主任1名，副主任3名，负责实验室建设与日常管理，定期向有关部门和学术委员会汇报实验室运转情况。现任名誉主任为沈世钊院士，主任为范峰教授，副主任为王玉银教授、郭安薪教授、王永辉教授。

实验室本着“以人为本”和“公平、公正、公开”的原则建立一种良好的研究开发环境，同时建立人才聘任和绩效考核体系、项目管理与评估体系、科研质量管理体系、高层次人才培养质量评估体系、资源共享体系、实验室基金管理体系等，形成较完善的实验室管理制度。